En 1990, Ted Naifeh commence à réaliser des comics. Avec son ami Eric Burnham, ils auto-publient trois histoires d'un comic cyberpunk intitulé Nicki Shadow ainsi que quelques projets. Lorsque le marché du comics connaît sa crise, à la fin des années 90, il éprouve le besoin de changer. Il part travailler à Accolade, dans la Silicon Valley, où il réalise des travaux en 2D et 3D pour des vidéogrammes. En 1998, Ted se retrouve à rester toutes les nuits dans son bureau à photocopier des mini-comics que lui et Serena Valentino ont décidé d'appeler Gloomcookie, une série d'histoires autour de la communauté gothique. Deux ans plus tard, ils la présentent à la convention de San Diego, et Dan Vado, de Slave Labor Graphics s'y intéresse. Quelques mois plus tard, la série est dans les bacs. Le succès est immédiat.

Peu de temps après son départ de l'industrie des jeux vidéos, alors qu'il n'arrive pas à dormir, il passe la nuit à imaginer les créatures qui habitent les ombres et nous regardent dormir... Courtney Crumrin est née, ainsi que le premier tome de la série : Courtney Crumrin and the Night Things, qui sera publié en 2002 chez Oni press. A la différence de Gloomcookie, ce n'est qu'à partir du deuxième tome que Courtney Crumrin commence vraiment à attirer l'attention du public... jusqu'à un véritable succès lorsqu'en 2003, Ted Naifeh est nominé aux Eisner Awards, dans la catégorie "Best Limited Series". En 2005, il retourne à un genre familier avec sa nouvelle série Polly and the pirates, publiée par Oni Press, puis traduit en français chez les Humanoïdes Associés.